این خانه در حدود 2هزار و 500مترمربع مساحت دارد و در مجموع از 5بخش شامل حیاط ‌اندرونی مرحوم حاج شیخ مصطفی«پدر حضرت امام» که بعدها این خانه موروثی آیت‌الله پسندیده شد، حیاط بیرونی حاج شیخ مصطفی، (محل تدریس جلسه‌های دینی و در پاره‌ای اوقات مکان پذیرایی از مهمانان)، حیاط دارای شبستان که محل تولد امام خمینی(ره) در یکی از اتاق‌های آن است، حیاط موروثی امام(ره)، واحدهای ارتباطی و خدمات است.

واحدها و این حیاط همه در یک زمان ساخته نشده است و به نظر می‌رسد در بدو امر یعنی دوره قاجار حیاط اندرونی و بیرونی "حاج شیخ مصطفی" و سپس به مرور زمان سایر بناها ساخته شده است.

پاره‌ای از اندام های معماری این بنا نیز قبل از سال 1320 قمری بنا شده است زیرا در همان سال 1320"حاج شیخ مصطفی" پدر امام(ره) بر اثر حادثه‌ای در راه اراک فوت کرد و در همین سال نیز امام(ره) دیده به جهان گشود.

منزل اندرونی "حاج شیخ مصطفی"در بخش شمال غربی مجموعه واقع شده است و ایوانی دارد که از سه جهت گذر دارد، یکی از گذرها به یک برج و دو گذر دیگر به دو اتاق ختم می شود که طبق یک سنت معماری در قدیم، ساخت برج علاوه بر دیده‌بانی و اعلام خطر، محل زندگی نیز بود و چنانچه این برج دو طبقه است و یک ایوان به سوی جنوب دارد و از پشت‌بام دارای یک دیوار جان‌پناه به ارتفاع 50 سانتی‌متر است.

از حیاط اندرونی "حاج شیخ مصطفی"، یک گذر به طرف جنوب و به حیاط شبستان‌دار باز می‌شود که محل تولد امام(ره) یکی از اتاق‌های بالاخانه آن است که شبستان این حیاط چهار دالان دارد که به آن حیاط داخل می‌شود و سر دیگر آنها به حیاط بیرونی "حاج شیخ مصطفی" یعنی محل تدریس باز می‌شود و درون این شبستان سه اتاق تعبیه شده است و روی آنها قسمت بالاخانه است که از طریق راه‌پله ضلع غربی، امکان دسترسی به آن میسر می‌شود.

این قسمت از طرف غرب و شرق دارای ایوان سرتاسری است و درون آن متشکل از اتاقی نسبتا بزرگ یعنی مهمان‌پذیر در سمت شمال و اتاقی دیگر در جنوب است و بنابر اقوال، امام(ره) در اتاق ضلع شمالی متولد شده است.

ضلع شرقی بنای شبستان مشرف به حیاط بیرونی "حاج شیخ مصطفی" است که در زمان حیاط وی جلسه های دینی و تدریس در آن برقرار می‌شد، ایوانی دارد که 8 در به آن باز می شود.

پس از مرگ پدر امام، سهم موروثی وی از ملک پدری، عبارت از حیاط محدود و کوچکی است که در آن یک ایوان و سه اتاق وجود دارد. راه ورودی به این حیاط از طریق دروازه اصلی سمت شرق میسر می‌شود.

پس از ورود به هشتی پشت این دروازه، دالانی سراسری وجود دارد که در وسط آن به طرف غرب، گذری تعبیه شده است که رابط بین دالان و حیاط موروثی امام(ره) است و همچنین از این حیاط گذر دیگری وجود دارد که رابط این بخش و حیاط "آیت‌الله پسندیده" است که بخش ارتباط و خدمات در انتهای دالان و در جنوب غربی آن واقع است.

نوع مصالح ساختمانی در این بنا ابتدا از گل و خشت بود، ولی نما و روکش پاره‌ای از آنها برای استحکام در پایه برج به ارتفاع حدود یک متر سنگ کار شده است و کف اکثر ایوان‌ها از آجر است.

پیوستگی تفکیک‌ناپذیر خانه با بافت قدیمی شهر "خمین" و محله "سرپل" این شهر قابل توجه است،در حالی که با توجه به عرصه، نوع معماری و ویژگی‌های خانه است و بدون شک خانه امام(ره) در شهر "خمین" سمبل و نهاد انقلابی بودن انقلاب اسلامی و سرمنشاء اصلی آن، حضرت امام خمینی(ره) و گویای دیدگاه مردم‌سالارانه امام است.

به گزارش تسنیم، هر سال هزاران نفر از خانه تاریخی خاندان امام(ره) دیدن می‌کنندو بیت قدیمی امام خمینی (ره ) در شهر "خمین" سالانه پذیرای صدها هزار گردشگر داخلی و خارجی است که علاوه بر این، کاروانهای راهیان نور از سراسر کشور نیز در مسیر عبور از استان مرکزی با توقف در شهر "خمین"، ضمن بازدید از این خانه بار دیگر با آرمانهای امام راحلشان بیعت می کنند.